蛾皇痛说前史，他曾救张问天和妖尸性命，这两人却恩将仇报，夺走本属于他的永夜城和缠晶仗，利用殉灵蛾四处害人。就在蛾皇尧手刃仇人之时，铸雪神光剑突然飞向妖尸身边，为其解围。余英奇震惊，不明铸雪神光剑与妖尸有何渊源，白谷逸却直接叫出了妖尸的名字“甄良师兄”，甄良虽是一愣但还是护着张问天离开。
水牢因剧烈打斗坍塌，将四人困在其中，这动静也引起落仙宫其他人的注意，碧梧告诉沙艳红，沙艳红和萧月一同来到水牢外面，水牢中，余英奇用丹火攻击冰印，希望可以找到出路。丹火终将冰印融化，藏着水灵牒的千年合欢莲终于现身。余英男去接合欢莲，却被冰封身体。鲛女看出齐灵云身上的毒，余英男和解药他们只能要一个，齐灵云要了余英男的，鲛女将千年合欢莲留给了她们后继续沉睡。
因萧月沙艳红决定离开解散落仙宫随萧月上蜀山见过长眉后隐居，但对于幻波池水留下的毒她并没有解药只有压制的药，要解还需前往慈云山庄，白谷逸和齐灵云前往慈云山庄其他人回了蜀山。
王惊雷教唆众火黎人不再信任余美娇和蜀山，转而听命于苍墟掌门追云。王惊雷更是拆穿当年英奇守护者之力消失的真相。因为余峰和余美娇不舍儿子赴死，阻止余英奇毁灭赤魂石，从而导致了余英奇体内赤魂石的力量无故消失，亲手缔造了火黎人的悲剧。失去众人信任的余美娇无奈，只得将长老之位禅让给王惊雷。
齐灵云和白谷逸前脚刚离开慈云山庄，后脚便有人以落仙宫的名义屠杀慈云山庄，此事传到蜀山耳中但此时沙艳红正在蜀山，沙艳红以水为媒将事情告诉齐灵云，又水灵牒指示木灵牒身在慈云山庄，长眉命余英男和余英奇二人去慈云山庄与齐灵云白谷逸汇合，寻找木灵牒，调查真相。
慈云山庄裘庄主向齐灵云和白谷逸解释说山庄灭门一事只是误传，但山庄上下气氛诡异，庄主似是有所隐瞒。两人离开后遇到余英男和余英奇，于是两人决定假装生病前往，英奇谎称英男有病，前来问药求医，好为调查争取时间。深夜两人偷偷溜出房间，撞见慈云山庄众人形式诡异，正在集体饮下一种血红色的药物。两人想要更进一步查看这药物是何名目，却不幸暴露了行踪。芷仙突然出现，带着他们藏了起来。芷仙告诉英男和英奇，她本是山庄中人，从小被庄主逼迫试药。她唯一的朋友是一个叫做无名的男孩。因为无名的血液可以治愈百病，庄主变将无名禁锢起来，专门抽取他的鲜血来卖药盈利。这慈云山庄所谓的传世之宝，可治百病的无名医典其实是个可怜少年。听说慈云山庄被屠，芷仙担心旧友安危，所以前来探个究竟。第二天，余英男服毒装病，成功混入裘庄主的诊室找到无名，她手中的水灵牒发生感应，木灵牒就在无名医典体内。庄主发现余英男装病，下毒令两人昏迷，芷仙则惨死在庄主手中。
张问天唤出画像上女子名为紫英，他望着紫英独自伤感。他认为自己自始至终都是将对紫英的感情移情到了沙艳红身上，于是暗下决心忘记沙艳红，尽快找到赤魂石，回到紫英身边。余英男和余英奇被裘庄主囚禁，并且喂下了忘情草，不消一炷香的时间便会忘却一切。余英男拿出回音石，上面记录着余英奇醉酒亲吻自己的画面，余英奇这才确定那一晚不是自己的美梦，而此刻两个有情人面临着忘却对方的危机，终于难掩对彼此的深情，余英男落泪表白，二人决定将记忆输入到回音石中，却在晕厥前最后一刻被赶来的无名医典救醒。无名医典要求两人帮助自己复活芷仙，过程中二人终于确定无名医典就是木灵牒的载体。复活后的芷仙和三人一起抵抗慈云山庄内众人的阻拦，杀出慈云山庄，与前来接应的白谷逸和齐灵云离开。
几人回到蜀山，碧梧来告追云和其他门派以为慈云山庄报仇之名攻打落仙宫，沙艳红和齐灵云白谷逸余英男返回落仙宫，还有芷仙和无名一起解幻波池水的毒，沙艳红又不想萧琅前去，正好萧月原先打算前往璇玑门而沙艳红又因那些事不愿一同前往，萧月便待萧琅前往璇玑门，一来能让萧琅修身养性，二来也能找到帮助火黎人度过困境的方法。蜀山众人将木灵牒归位，即将出世的土灵牒和火灵牒分别指向了永夜城和火黎人。
在落仙宫，追云看到白谷逸真的倒向落仙宫很是生气，顾恩又在旁边煽风点火，追云向白谷逸大打出手，其他门派又在余英男的劝说下看到长眉的信方离开，追云为了不身败名裂将一切退给顾恩但最后两人都死在落仙宫。事情解决后，沙艳红解散落仙宫前往璇玑门，其余人返回蜀山，碧梧说什么也要跟着齐灵云倒是和余英男争起妹妹一职。
回到小村村的余英奇告知余美娇，余英男的血可以平复自己的丹火，余美娇大惊，决心去永夜城向张问天问明余英男的身世。萧月带萧琅来到璇玑门，萧琅本是善良之人，在父亲的劝解下他放下了仇恨。
长眉知道发生的事很是惋惜，对外称追云和顾恩是在击杀魔教殉生，苍墟交由白谷逸打理，白谷逸将甄良一事告诉了青囊，青囊决定到永夜城探求真相。
永夜城中出现天坑，蛾皇真身重见天日，张问天发现后便布下星火石阵企图炸毁真身。前来的余英男，天一弥尘和蛾皇碰到了一早便来查探消息的青囊，青囊同意帮助蛾皇解救真身来换取土灵牒。为给青囊争取时间，余英男主动请缨去拖住张问天。
谈话间，余英男记起了之前的一些片段，但依旧不想和眼前这个坏事做尽的人合作，张问天却利用丹火爆发的余美娇来威胁，危急时刻，蛾皇放置在余英男耳中的殉灵蛾控制住了余美娇，蛾皇来到永夜城一事也随之暴露，张问天派妖尸前去调查。妖尸来到天坑处，阻止蛾皇真身被解封，与天一弥尘大打出手。两人不敌，关键时刻青囊出手重伤妖尸，妖尸弥留之际终于吐露当年之事。原来当年摔下凝碧崖的师兄弟几个迫于生存，只得以同伴为食。妖尸也是在那时遇见了张问天，他再无脸面重回蜀山再见青囊，所以选择追随张问天。妖尸死去，青囊得知真相崩溃痛哭。蛾皇拿回真身，杀了张问天报仇，褪去了永夜城的黑暗结界，永夜城重见天光。
余美娇决定带余英男去璇玑门，查找关于余英男血液压抑丹火的秘密。小村村中，王惊雷和四方长者依照在璇玑门所知，计划把余英奇引至冰坛后杀害，以便火凤能够选出新的守护者。在动手的时候，霍霍和阿土闯入，王惊雷失手击中女儿。谁知霍霍随即剧烈燃烧起来，并且放出巨大的能量。她的丹火从体内爆出，原来火灵牒正是她体内的丹火，霍霍死去，冰坛融化坍塌，火凤飞出，余英奇得到火灵蝶。阿土深受刺激，无法接受这一事实，离开了小村村。
余英男和余美娇来到璇玑门，余美娇请求萧月调查为何英男的血可以平息丹火。这时不安的火凤突然回来璇玑门，和苍鸾一起进入了回音绝壁。余美娇知悉火黎一族恐生变数，决定赶回小村村，余英男担心余美娇一同前往。王惊雷因霍霍的死早已不管不顾，从大方散人那听说赤魂石一事，决心毁掉赤魂石。苍鸾出现，丢下一颗回音石，回音石上赫然指出身怀赤魂石之人的血能够平息丹火。余英奇意识到余英男危险，赶去营救。五行灵蝶感受到赤魂石，长眉将五行灵牒化为伏羲剑，余英奇更是不顾自身安危紧紧抱住余英男，但赤魂石能量巨大，长眉渐渐不敌，又不忍心伤害余英男。最后关头雀影助长眉击出伏羲剑，射中了余英男胸口的赤魂石，生死门打开，余英男消失，余英奇晕厥被苍鸾带回小村村。
历经召唤赤魂石一事，余英男已经恢复了三年前的记忆。萧月找到被囚禁的唐星，发现大方散人的野心。余英男来到璇玑门，找到解决的方法，假装不知道的跟每个人告别，还去看了仍在昏睡中的余英奇，最后毅然决然的决定牺牲自己，在伏魔谷将落英无形剑戳进胸口，同时昏睡的余英奇受到召唤，醒来感到伏魔谷但那时只剩赤魂石悬于半空。余英奇来到璇玑门寻求救余英男的方法，在五十年后两人终于相见尽管这时的余英男并不记得余英奇。白谷逸和齐灵云也离开了苍墟去过平凡的生活。